Is-Sovrintendenza teżerċita kontroll u tirregola l-patrimonju kulturali ta’ taħt il-baħar. Is-Sovrintendenza tissorvelja proġetti li jista’ jkollhom impatt fuq il-patrimonju kulturali ta’ taħt il-baħar, kif ukoll twettaq xogħol fuq il-post u investigazzjonijet arkeoloġiċi ta’ siti ta’ taħt il-baħar.
Kull entità jew kumpanija li teħtieġ li twettaq proġetti ta’ taħt il-baħar jew stħarriġ, mitluba li tikseb il-permess tas-Sovrintendenza qabel il-bidu tal-proġett. Barra minn hekk, is-Sovrintendenza hija wkoll responsabbli għad-dikjarazzjoni ta’ siti ta’ taħt il-baħar ta’ sinifikat kulturali u storiku bħala ‘Siti Protetti’.